وقتي صحبت از نرم‌افزارهاي CRM ابري مي‌شود، نگراني و سردگمي را مي‌توان در نگاه مديران شرکت‌ها مشاهده کرد. آن‌ها هنوز نپذيرفته‌اند که اطلاعات مشتريان‌شان را به صورت آنلاين در سرور‌هاي خدمات‌دهندگان ِ آنلاين ِ CRM قرار دهند.  دغدغه آن‌ها قابل درک است زيرا دسترسي به اطلاعات از طريق اينترنت، ريسک‌‌ امنيتي دارد.

جالب است بدانيد که سطح امنيت CRMهاي ابري نسبت به نرم‌افزارهايي که بر روي سرورهاي شرکت نصب مي‌شوند، بالاتر است. اين موضوع در سازمان‌هايي که منابع و تخصص کافي براي برقراري امنيت شبکه‌ و داده‌هاي خود را ندارند، بيشتر صادق است. اين دسته از شرکت‌ها، بيشتر مورد هدف حملات سايبري قرار مي‌گيرند، لذا با انتخاب نرم‌افزارهاي CRM ابري، خيال‌شان راحت است که داده‌هاي مشتريان‌شان در مکاني امن و با آخرين تکنولوژي امنيتي نگهداري مي‌شود.

همچنين،  استفاده از CRM ابري اين مزيت را دارد که داده‌ها را کد گذاري مي‌کند. در اين روش، تمامي اطلاعات ابتدا به کد تبديل شده، سپس به سرور منتقل مي‌گردند. اگر فردي قصد داشته باشد سرور ابري را هک کند، تا زماني که کليد مربوط به رمز گشايي را نداشته باشد، به اطلاعات واقعي مشتريان دست پيدا نخواهد کرد. شرکت‌ها معولا به طور منظم کليدهاي کدگذاري را تغيير مي‌دهند تا داده‌ها امن‌تر بمانند.

ضمنا نرم‌افزارهاي CRM ابري، امکانات امنيتي از جمله تعريف نقش‌ها، سطح دسترسي، قطع ارتباط در صورت عدم فعاليت و... را در اختيار کاربران قرار مي‌دهند. اين سطوح دسترسي چند لايه‌اي کمک مي‌کند تا فقط افرادي که صلاحيت دارند، به اطلاعات دسترسي داشته باشند  و داده‌ها، با امنيت بالايي در نرم‌افزار ذخيره شوند. بنابر اين دليلي براي نگراني از امنيت اطلاعات در سيستم‌هاي ابري وجود ندارد.